Хвороби, які вражають пшеницю, поділяються на хвороби листя та стебла та класові хвороби. Інсектициди та афіциди можна використовувати разом із фунгіцидами для боротьби з таким Класом хвороб: Фузаріоз (Fusarium) Надає найбільшої шкоди під час цвітіння, а зараження може відбуватися протягом року. Ця хвороба виробляє мікотоксини, шкідливі для здоров’я людини та тварин. Станогоспороз (Stagonospora nodorum/Phaeosphaeria nodorum) Грибок, що розвивається при температурі 20°C — 25°C з вологістю повітря вище 96 %. Якщо рослина заражується цим класом хвороб, зниження врожайності може становити до 60 %. Боротьба із захворюваннями починається з лікування проти Fusarium після появи колосків. Септоріоз, лептосферіоз (Septoria tritici blotch (STB) (Mycosphaerella graminicola) Зараження листя цією хворобою знижує врожайність до 40 %. Він атакує листкову пластинку та стебло, і якщо інфекція сильна, зерно також заражається. Захворювання виникає після частих дощів і холодної погоди, і від зараження до перших симптомів, може, пройти 14–28 днів. Блюмерія злакова або Борошниста роса злаків (Erysiphe graminis) Середні втрати від зараження борошнистою росою становлять 5 % – 10 %. Якщо зараження відбувається під час основного росту, в зерно менше вкладається крохмалю і, отже, знижується якість зерна. Борошниста роса не потребує превентивного контролю Піренофороз, жовта плямистість (Drechlera tritici- repentis/Pyrenophora tritici- repentis) Поширенню цієї хвороби сприяють дощі, туман, роса та температури вище 20 °C. Симптоми інфекції дуже схожі на симптоми, спричинені Септоріозом (Septoria STB), оскільки з’являються невеликі коричневі плями, які зливаються в овальні плями з темним центром. Бура листкова іржа (Puccinia recondita) Ця хвороба вражає лист, поки вони ще зелені. Оскільки, лише на такому листі цей грибок, може, вижити. Оптимальна температура для розвитку — 15 °C — 20 °C при високій вологості.