Плантацію потрібно підтримувати регулярним поливом, підживленням та захистом від бур’янів, шкідників та хвороб. Найчастіше бур’яни видаляють вручну або шляхом застосування гербіцидів, оскільки механічне видалення бур’янів на часниковій плантації важко зробити. Найбільш значним шкідником часнику є часникова муха (Helomyza lurida або Suilia lurida). Самки цього шкідника відкладають яйця біля рослин часнику або приклеюють їх до рослин на рівні землі. Шкоду завдають личинки, які зариваються в тканину центрального листя часнику і обгризають його в напрямку цибулини. Пошкоджена тканина розпадається, центральні листя засихають, а бічні залишаються неушкодженими. Стебло і листя легко відокремлюються від цибулини. Щоб запобігти нападу часникової мухи, необхідно дотримуватися сівозміни, підтримувати хороше здоров’я рослин, а іноді ефективно садити часник раніше восени. У разі зараження необхідно своєчасно видаляти заражені рослини. Хімічний контроль можна проводити шляхом профілактичного внесення ґрунтових інсектицидів перед посадкою. За винятком часникової мухи, шкоду можуть завдати ґрунтові шкідники, такі як жуки та дротяники, яких контролюють, застосовуючи ґрунтові інсектициди перед посадкою. Основні проблеми у виробництві часнику можуть бути спричинені нематодами роду Ditylenhus, які викликають пожовтіння та загнивання листя та розм’якшення цибулин. Найбільш надійним методом запобігання зараження нематодами є дотримання сівозміни та стійкого до рослин часнику. У районах, де часник вирощують регулярно, часто трапляється пероноспороз (Peronospora destructor), іржа (Puccinia alli) та біла гниль (Sclerotium cepivorum). Сівозміна, стійкі екотипи та інші профілактичні заходи значно зменшують можливість зараження. Оптимальний час обробки фунгіцидами, які можуть охопити декілька збудників хвороби, визначається регулярним контролем опадів, температури, відносної вологості та утримання вологи на надземних органах.