Зазвичай збирають молоді бульби, оскільки вони містять більше алкалоїдів, ніж старі. Їх викопують у серпні та вересні. Також збирають повністю зрілі листя, а під час цвітіння - стебла довжиною до 40 см, а також насіння. Всі частини рослини сушать окремо від інших рослин. Під час збирання слід носити рукавички, оскільки аконіт може викликати алергічні реакції.

Аконіт клобучковий є сильним заспокійливим та знеболюючим засобом. Він надає подразнюючу дію, паралізує центри мозку, викликає параліч м’язів та опорно-рухової системи. Застосовується проти запалення та початкового болю при стенокардії, ларингіті або гострому бронхіті. Аконіт клобучковий ефективний при лікуванні невралгії, мігрені, ішіасу, запалення суглобів з деформаціями. Він дієвий при подагрі, ревматизмі, нервових болях, корі, дифтерії та інших захворюваннях.

У судомних станах він знижує температуру та пульс, а також допомагає проти м’язового та суглобового ревматизму. Харчові жири - це масажний засіб проти гострих або хронічних ревматичних болях, для зменшення болю при хронічному запаленні суглобів, невралгії та інших захворюваннях. Є вказівки на те, що аконіт використовується для лікування раку та у якості анестезії, також для лікування вугрів, серця, високого кров’яного тиску та ряду інших захворювань.

Аконіт клобучковий - одна з найбільш отруйних рослин у Європі. Перші ознаки отруєння з’являються через кілька хвилин. Біль у роті, свербіж, сильне потовиділення, лихоманка, біль у кишечнику, блювота, діарея, параліч дихальної системи, оніміння м’язів рук і ніг, уповільнене дихання, втрата свідомості та смерть. Тому рослину не можна вживати окремо, а лікарські препарати - тільки під наглядом лікаря.