Збудники ґрунтових захворювань часнику зберігаються в ґрунті протягом декількох років (хламідоспори, склероції), а позакореневе оброблення надземних органів (наприклад, проти іржі, борошнистої роси, веснянок, цвілі) не забезпечує ефективного захисту від збудників білої та сухої кореневої та меленої гнилі. Дотримання сівозміни (вирощування часнику на одній поверхні лише через чотири роки), вирощування більш стійких місцевих сортів та зберігання садівного матеріалу в оптимальних умовах, безумовно, є корисними профілактичними заходами. Для обробки посадкового матеріалу можна застосовувати певні фунгіциди (наприклад, іпродіон проти білої гнилі). Також можна обробити ґрунт перед посадкою часнику введенням мікробіологічних препаратів на ділянки, де очікується пошкодження ґрунтовими хворобами. Якщо часник виробляється для власних потреб на менших грядках на присадибних ділянках, висаджуються здорові цибулини в сівозміні (на одній грядці лише кожний четвертий або навіть краще - п’ятий рік), а з бур’янами іде боротьба механічним способом (зриванням та обкопуванням), то часниковим мушкам ще потрібно покрити такі поверхні павутиною. На крайній випадок - повісьте жовті клейкі дошки. Інші гарантії якісного виробництва часнику для власного використання, як правило, не потрібні. Але, якщо часник виробляється для ринку на більших площах, то хімічний контроль бур’янів є більш важливим заходом догляду за посівами, і потрібно вживати профілактичних заходів для захисту від найважливіших і найпоширеніших шкідників (часникова муха), включаючи хвороби листя (іржа, пероноспороз), цвіль та гниль головки часнику.