Хоча шкідник може розвиватись від двох до трьох поколінь на рік, перше є найнебезпечнішим, оскільки воно атакує ще молоді та зовсім нерозвинені рослини. Перші симптоми присутності цибулевої мухи можна помітити у вигляді в’янення, пожовтіння та висихання центрального листа, який легко витягується з серця стебла. Заражені рослини гниють, на перерізі стебла видно білі або майже білі личинки. Саджанці цибулі часто відмирають до того, як личинки повністю розвиваються, тому вони переходять до наступної рослини. Личинки цибулевої мухи є найбільш шкідливими у виробництві молодої цибулі. Шкода стає більшою, коли на заражених головках цибулі з’являється суха гниль. Після формування головки з’являється друге покоління мухи і атака на цьому етапі призведе до виникнення таких головок цибулі, які не підходять для ринку.