Однією з найбільших труднощів для швидшого застосування та поширення ендомікоризи на практиці є комерційне виробництво інокулятів. Очікується, що виробництво комерційних інокулятів, тобто спеціалізованих вакцин проти мікоризних грибів для певних видів рослин, розшириться. Таким чином, сьогодні на ринку можна знайти вакцини для винограду, фруктових видів, овочів, орхідей, хвойних дерев тощо. Було встановлено, що вплив ВАМ значно зменшується (і може навіть повністю нівельований), залежно від кількості фосфору в ґрунті. Причина в тому, що висока концентрація фосфору змінює анатомічну структуру кореня, що перешкоджає проникненню гриба в нього. Саджанці мікоризи мають перевагу при висадці в стерилізований ґрунт після дезінфекції на захищених територіях. Крім того, встановивши мікоризу, можна відновити більшість рослин, пошкоджених через надмірну кількість гербіцидів. Застосовуючи мікоризу, можна значно підвищити стійкість рослин до деяких захворювань, що особливу роль відіграє в органічному овочівництві. Рослини, вирощені з інфікованого мікоризою насіння (у фазі пересадки), можуть бути більш толерантними до стресу при пересадці, ніж немікоризовані рослини, або щеплені лише під час пересадки.