Борьбу с мухами ведут предупредительными и истребительными мерами. Мероприятия направлены на создание условий, препятствующих размножению мух, устранение мест откладки яиц и выплода из них мух на территории животноводческих ферм, а также на недопущение залета мух в помещения. Профилактические мероприятия являются главными и решающими в борьбе с мухами в животноводческих помещениях, а истребительные меры – вспомогательными. В истребительных мероприятиях используются различные инсектицидные препараты, а против окрыленных мух ведущими являются механические средства уничтожения. Против комнатных мух, которым свойственна высокая резистентность против используемых препаратов, следует применять каждый раз новые препараты. Часто используется 0,5% раствор хлорофоса с добавлением 0,5%-ный раствор карбоната аммония и 10% сахарных веществ. Используются различные аэрозоли инсектицидов (дихлофос и др.), липкие ленты, листы, бумага «мухомор», пропитанная хлорофосом и другими инсектицидами. Также внутри помещений эффективными являются фумигаторы, которые нагревая пластинку или специальную жидкость, испаряют инсектицид. Также используют инсектицидные лампы, которые своим свечением привлекают насекомых и убивают электрическим разрядом. Борьба с мухами цеце ведется в природных биотопах. Для уничтожения этой мухи рекомендуются инсектициды 4 типов: хлорорганические (диэлдрин, эндосульфан), фосфоорганические (азаметифос, фенилтротион, фентион); карбаматы (карбамид, пропоксур); перитроиды (циперметрин, перметрин). Применяют также широкомасштабные обработки местности с использованием самолетов и вертолетов. Обрабатывают места дневного и ночного отдыха мух цеце в сухой сезон. Инсектициды используют в виде масляных эмульсий; 4-6 циклов обработки с интервалом в 2-3 недели достаточно, чтобы из всех куколок появились имаго мух цеце, против которых авиаметод борьбы оказывается высокоэффективным. Наилучшие результаты дает использование смеси 6 г эндосульфана и 0,1 г дельтаметрина на 1 га.