Паразиты воздействуют на организм хозяина прежде всего механически. К примеру, личинки аскарид во время миграции нарушают целостность стенок кишечника и альвеол легких, скопление аскарид и ленточных червей могут вызывать непроходимость кишечника и перфорацию его стенок, паразитирующие в печени сосальщики вызывают закупорку желчных ходов. Присасываясь к стенкам кишечника, плоские черви провоцируют некроз тканей. Хоботки клещей и насекомых повреждают целостность кожных покровов и т. д. Токсико-аллергическое воздействие оказывают секреты слюнных желез кровососов, продукты жизнедеятельности или распада погибших гельминтов, которые являются сильными антигенами для организма хозяина. Паразиты и продукты их жизнедеятельности действуют как биологические мутагенные факторы. Паразиты поглощают питательные вещества и витамины из организма хозяина. Гельминтозы обычно сопровождаются гиповитаминозами и анемией. Паразиты открывают пути для вторичной инфекции: протисты, гельминты и их личинки, клещи и насекомые, нарушая целостность кожных покровов или слизистой стенки кишечника, открывают пути для проникновения других патогенных микроорганизмов. Нарушение процессов обмена веществ у хозяина (белкового, углеводного, жирового и др.), общее ослабление организма, снижение его сопротивляемости и повышение чувствительности к другим заболеваниям (аскаридоз часто сочетается с дизентерией, брюшной тиф — с гельминтозами). Паразиты способны подавлять ответные иммунные реакции хозяина. Биологически активные вещества многих паразитов обладают иммуносупрессивным действием. Некоторые паразиты провоцируют образование злокачественных опухолей: клонорх и описторх — холангиокарциному, шистосомы — рак мочевого пузыря и прямой кишки. Паразиты могут оказывать неблагоприятное влияние на течение беременности и развитие плода (малярийные плазмодии, токсоплазма, описторх): вызывают токсикозы беременности, выкидыши, нарушения развития плода (врожденные пороки).