В 1972 г. палеонтолог Лео Плас младший обнаружил вымершего моллюска в каньоне Эрроу (Невада) и дал ему латинское название Amaurotoma zappa, мотивируя это тем, что «название вида — это дань памяти Фрэнку Заппе». В 1980 г. биолог Эд Мёрди дал название Zappa роду бычковых рыб Новой Гвинеи, а также его отдельному виду – Zappa confluentus, который, к слову, является эндемиком Новой Гвинеи. Ученый назвал род в честь музыканта «за его четкую и проницательную защиту Первой поправки к Конституции США». Phialella zappai - вид каллифорнийских медуз, обнаруженный в 1987 г. Фердинандо Боеро, биологом итальянского происхождения, который восхищался музыкантом, отметив, что «он бы с удовольствие дал название виду в честь современного композитора». Боэро написал Заппе с целью встретиться с ним и представить ему свое открытие. Фрэнк Заппа принял его приглашение и ответил: «Нет ничего лучше, чем медуза с моим именем!». В начале 80-х годов в Камеруне бельгийские биологи Босман и Боссельер обнаружили паука, которому в 1994 г. дали название Pachygnatha zappa, заметив, что «рисунок на вентральной стороне брюшка самки этого вида, поразительно напоминает усы легендарного артиста». В 1995 г. биологи из американского штата Мэриленд в честь Заппы назвали ген - zapA, принадлежащий бактерии Proteus mirabilis, которая является возбудителем мочеполовых инфекций. В конце своей научной статьи они «поблагодарили Фрэнка Заппу за вдохновение и помощь генетической номенклатуре». Четыре года спустя, американские палеонтологи Марк Салак и Халард Лесцинский открыли многоклеточное ископаемое, которое назвали Spygori zappania в честь «Фрэнка Заппы… задача которого была подобна задаче ранних палеонтологов – бросать вызов привычным, общепринятым убеждениям, если этим убеждениям не хватает опоры со стороны логики и разума». В добавок к этому и без того не малому списку, в честь Заппы назван Vallaris zappai (Bruijn et. al., 2006), небольшое млекопитающее из раннего миоцена, обнаруженное в Анатолии, Турция.