У гідропоніці використовують ті субстрати, які містять поживні речовини. В основному застосовують кокосовий субстрат, вермікуліт, перліт та мінеральну вату.
Українська компанія ТМ «AQUAFARM”, реалізовує проект вирощування риби з використанням методу аквапоніки – поєднання аквакультури (вирощування риб) та гідропоніки (вирощування рослин) у системі рециркуляції води.