Загрязнение окружающей среды при использовании минеральных удобрений происходит в основном из-за несовершенства свойств и химического состава удобрений и нарушения технологии производства, хранения и применения минеральных добрив. Накопление нитратов в сельскохозяйственной продукции в основном зависит от дозы и сроков внесения азотных удобрений, длины светового дня и времени посева семян, а также от освещения на затененных участках содержание нитратов. Применение фосфорных удобрений также имеет значительные экологические последствия. Во-первых, фосфорные удобрения приводят к увеличению накопления фосфора в водных объектах, накопление которого в водной среде в значительных количествах вызывает еутрофикацию (зарастание) водойм.