Не дивлячись на корисні властивості кукурудзяного сиропу існують також і протипоказання до його застосування. При попаданні в організм сироп не викликає виділення інсуліну, який сприяє виробленню гормону лептину, який контролює почуття насичення організму. Даним чином сироп з кукурудзи призводить до дисбалансу метаболізму в організмі людини.