Главное их отличие от других органических и минеральных удобрений заключается в том, что микробиологические - «живые». Они содержат выбранные и проверенные штаммы почвенных микроорганизмов - бактерии, грибы или сине-зеленые водоросли. Эти полезные микроорганизмы «взяты из природы», но производятся как чистые культуры в лабораторных условиях для микробиологических удобрений. Принцип действия таков: применяя эти удобрения, питательные вещества для питания растений не вносятся в почву. Они будут высвобождены работой «удобрений от микроорганизмов» в форме, которая улучшит снабжение растений такими элементами, как N, P, K, Fe, S. Своим действием микробиологическое удобрение будет стимулировать рост корневой системы и будет благотворно влиять на другие процессы в растении и почве. В сельском хозяйстве распространенным является микробиологическое удобрение путем интродукции бактерий рода Rhizobium и Bradyrhizobium на большинство полевых культур из семейства бобовых. Здесь используется симбиотическая связь так называемых клубеньковых бактерий, которые живут у корня и поставляют бобовые азотом, связывая его из воздуха.