О серьезных побочных эффектах медвежьего лука не известно. В некоторых особых случаях это растение может вызвать аллергическую реакцию. Людям, чувствительным к чесноку, луку и луку-порею также следует избегать употребления медвежьего лука. Также наблюдалось возникновение гемолитической анемии у крупного рогатого скота, который питался листьями и луковицами этого растения. Ученые считают, что за это отвечают диалил, три- и тетрасульфиды, которые чрезвычайно токсичны для эритроцитов в крови. Хотя у людей этот эффект не замечен, но если вы болеете анемией, используйте медвежий лук с осторожностью. Неизвестно, какое влияние это растение имеет беременных и в период кормления грудью, поэтому рекомендуется избегать употребления медвежьего лука в эти периоды. Поскольку лук медвежий разжижает кровь (а, следовательно, снижает артериальное давление), людям, принимающим антикоагулянты, следует избегать его употребления.