Верхівкова гниль виникає як наслідок фізіологічних порушень засвоєння кальцію. Це трапляється на кислих ґрунтах з дефіцитом кальцію, а також з утрудненим надходженням його із ґрунту. Зазвичай це буває, коли ґрунт сухий, коли після посухи випадають рясніші опади або коли полив починається надто пізно. Корінь поглинає кальцій у вигляді водного розчину і транспортує його до інших частин рослини. У рослині він майже нерухомий і не може переміщуватися з однієї частини в іншу. Тому симптоми дефіциту кальцію з’являються на наймолодших частинах, які є плодами, що розвиваються. Верхівкова гниль може виникати також через пошкоджене коріння, оскільки вона не в змозі забезпечити рослину кальцієм, і це часто трапляється при міжрядному вирощуванні, нападі різних шкідників, а також хворобах рослин. Як уже згадувалося, цей розлад найчастіше виникає в умовах тривалої посухи, коли більша частина водного тіла з кальцієм через рослину спрямована в бік листя, так що плід не отримує достатньої кількості цієї поживної речовини, що перешкоджає розвитку клітин і призводить до загибелі тканин.