Для комерційного використання необхідно отримати посівний матеріал, тобто вакцину з мікоризними грибами. Вакцина може бути у формі живого мікоризного міцелію або у вигляді сухих препаратів (спор). Живий мікоризний міцелій міститься у водному розчині у формі гелю і має термін придатності кілька років при температурі зберігання близько 0 °C, і втрачає свої властивості, якщо висохне або перегріється. Перевагою вакцини, приготовленої таким способом, є здатність грибків легко і швидко вступати в симбіоз з рослиною завдяки живим гіфам. При використанні сухої вакцини у формі спор встановлення мікоризи відбувається повільніше, і можуть виникнути труднощі з проростанням спор. Ендомікориза найцікавіша для овочевих культур, оскільки більшість видів овочів (крім капусти та крес-салату) здатні встановити цей вид мікоризи. Застосування мікоризи може бути значним при вирощуванні розсади овочів, коли вони вирощуються в заповідній зоні, і скрізь, де у виробництві овочів бажано уникати застосування великої кількості добрив та пестицидів. Також значні переваги перед немікоризованими рослинами спостерігаються при вирощуванні розсади овочів. Такі саджанці розвиваються швидше і краще, що скорочує час виробництва.