Чорна бактеріальна плямистість викликає в’янення і висихання молодих рослин. Ця хвороба значно знижує врожайність, і крім помідорів, вона також атакує сині баклажани та перець. Викликається грибком (Alternaria solani), який також зустрічається на картоплі й передається зараженими залишками або насінням. Інфекція поширюється спорами, які переносяться вітром, тоді як тепла і суха погода сприяє розвитку паразитів. Перше зараження відбувається під час виробництва саджанців. Спочатку хвороба пошкоджує листя томату, а вже потім усю рослину. Симптоми чорної плями з’являються на верхніх листках розсади у вигляді темно-коричневих плям із чорними концентричними колами, облямованими хлоротичним ореолом. Хвороба поширюється на краї дерева і вражає глибші шари тканини, де спостерігаються темні кільця, а частина над плямою вмирає. На стиглих плодах з’являються увігнуті круглі плями, покриті чорним оксамитовим покриттям, а заражені плоди швидко гниють. Ранньому зараженню можна запобігти дезінфікуючи насіння та використовуючи здорові саджанці. Останні можна обробляти фунгіцидами широкого спектра дії з інтервалом в 10-14 днів. Їх також можна використовувати для захисту рослин у польових умовах, а обробку слід починати одразу після пересадки та продовжувати кожні 7-10 днів, поки не виросте базове стебло.