Поскольку земля как основной производственный ресурс очень часто деградирует из-за различных токсических химических и физических воздействий, у эффективных микроорганизмов есть множество преимуществ. Основная цель обработки почвы - улучшить физико-химическую структуру, чтобы сделать ее пригодной для выращивания определенных культур. Однако независимо от того, сколько обработки почвы проводится, все равно остается определенное количество вещества, недоступного для растений, поскольку оно находится в неактивной форме или в конечном итоге токсично. Действие эффективных микроорганизмов множественное, поскольку они обладают антиоксидантным действием, предотвращая негативные естественные реакции. А именно, почвы, которые способствуют высокой степени окисления, сохраняют питательные вещества, поэтому растения используют значительно больше энергии для поглощения этих питательных веществ. Кроме того, такие почвы повышают токсичность под воздействием высоких концентраций тяжелых металлов и их взаимодействия с другими металлами. При использовании микроорганизмов на таких почвах тяжелые металлы превращаются в нейтральные формы, поэтому они смываются водой в более глубокие части и становятся более труднодоступными для растений. Это снижает токсичность и легко увеличивает доступность питательных веществ. При использовании эффективных микроорганизмов микрофлора почвы обогащается, почва становится более плодородной и «отдохнувшей», а более труднодоступные элементы разлагаются на более доступные. Таким образом, растения легче усваивают их, что в конечном итоге способствует развитию как растения, так и фруктов. Сбалансированное развитие растений требует действия и доступности всех питательных веществ. Очень часто определенные элементы присутствуют, но находятся в неактивной форме и недоступны для растений как таковые. Полезность продуктов на основе эффективных микроорганизмов выражается в том, что различные антиоксидантные процессы расщепляют сложные вещества на простые .