Самые распространенные болезни ландыши - это черная гниль и серая плесень. Черная гниль возникает на саженцах в виде черных пятен, которые в дальнейшем распространяются на листовые побеги, влияет на потерю рыночной стоимости растения. Причиной является гриб Sclerotonium denigrans. Серую плесень вызывает гриб Botrytis cinerea, который проявляется на нижних частях листья ландыша в виде коричневых некротических пятен в начале лета. Оттуда гриб распространяется дальше, создавая серовато-белый паутинный покров. Такие растения должны быть удалены и сожжены. Для защиты следует использовать специальные препараты.