Монилиоз (Monilinia laxa, M. fructigena i M. fructicola), голубая плесень (Penicillium), черная плесень (Rhizopus), черный рак ветвей (Dibotryon), Phytophthora и другие гнили - опасные заболевания, которые могут вызвать пересыхание садов. Монилиоз является серьезной проблемой для большинства видов плодов. Эта грибковая болезнь приводит к гибели цветов, распространяется на дерево и оставляет коричневые раны на молодых побегах. Болезнь также распространяется на плоды, которые в последствии разлагаются или имеют очень низкое качество. Фитофтороз вызывает корневую (и плодовую) гниль и является очень разрушительным заболеванием фруктовых деревьев во всем мире. Он часто поражает яблоки, вишни и персики, тогда как груши и сливы относительно устойчивы к нему. Корень зараженных плодовых деревьев гниет, деревья плохо прогрессируют, листья хлоротичные и наконец плоды засыхают, иногда за очень короткое время. Заболевание часто встречается в слабо дренированных местах сада (когда в течении долгого времени водонасыщенная почва). Весной деревья могут быть здоровыми, но они внезапно погибают в другой фазе вегетации, особенно во влажных условиях. На больных деревьях листья часто приобретают красноватый или фиолетовый цвет осенью, в то время когда листья на здоровых плодовых деревьях все еще зеленые. Верным показателем заболевания является красновато-коричневый цвет внутренней части коры на несколько сантиметров ниже уровня земли.