При прямій сівбі основний корінь може досягати глибини понад 1 м. Розгалуження кореня починається відразу під поверхнею ґрунту, а його система може сягати в діаметрі близько 1 м, більша частина розташована в шарі ґрунту глибиною до 30 см. Помідор має здатність утворювати на стеблі придаткове коріння, що використовується при глибокій посадці, коли саджанець висаджується з частиною стебла. При хорошому водозабезпеченні ґрунту розгалуження і маса коренів менші, а при слабшому - більші. Томат має розгалужене стебло. Є два основні типи стебла - невизначений (необмежений ріст) і детермінантний (обмежений ріст). Сорти першого типу називають високими, а другого - низькими або кущистими. Невизначене стебло може вирости на кілька метрів. Верхівка активна доти, поки має сприятливі умови зростання. Після першого суцвіття у нього зазвичай розвивається 3 листка, потім друге суцвіття, потім 3 листки і третє суцвіття тощо. З пазух листя розвиваються вторинні гілки (качани), які зазвичай видаляються. Детермінантне стебло зазвичай має коротші міжвузля, а основне стебло виростає від 0,5 до 1 м, потім перестає рости, а на верхівці часто розташоване суцвіття. З пазух листя швидко розвиваються вторинні гілки, які мають таке саме розташування листя і суцвіть, як і основне стебло, і тому вся рослина має кущистий вигляд. Оскільки кілька вторинних гілок розвиваються одночасно, цвітіння та розвиток плодів пропорційно поєднуються, що є перевагою для помідорів, призначених для консервної промисловості, оскільки це дозволяє одноразово механізувати урожай. Перше суцвіття з’являється на міжвузлі через 5-9 листків, що частково залежить від генотипу, а частково від температурних умов на момент проростання суцвіття. Суцвіття являє собою просте або складене гроно. Просте може містити від 7 до 12 квіток, а складене - у рази більше. Форма плодів кругла гладенька, кругла ребриста, кругла, злегка сплющена, кругла (куляста), кругла, злегка витягнута, у формі серця, циліндрична, грушоподібна та сливоподібна