Про серйозні побічні ефекти ведмежої цибулі не відомо. У деяких особливих випадках ця рослина може викликати алергічну реакцію. Людям, чутливим до часнику, цибулі та цибулі-порею, також слід уникати вживання ведмежої цибулі. Також спостерігалося виникнення гемолітичної анемії у великої рогатої худоби, що харчувалися листям і цибулинами цієї рослини. Вчені вважають, що за це відповідають діаліл, три- і тетрасульфід, що надзвичайно токсичні для еритроцитів у крові. Хоча у людей цей ефект не помічений, але якщо ви хворієте на анемію, використовуйте ведмежу цибулю з обережністю. Невідомо, який вплив ця рослина має на вагітних та у період годування груддю, тому рекомендується уникати вживання ведмежої цибулі у ці періоди. Оскільки цибуля ведмежа розріджує кров (а, отже, знижує артеріальний тиск), людям, які приймають антикоагулянти, слід уникати її вживання.