Боротьба зі шкідниками при органічному вирощуванні суниці здійснюється за допомогою профілактичних агротехнічних заходів, що запобігають появі та розповсюдженню шкідників, та використанню сортів суниці, більш стійких до шкідників. Найважливішими шкідниками суниці є хрущ західний травневий (Melolontha melolontha), хрущ східний травневий (Melolontha hippocastani), суничний довгоносик (Anthonomus rubi), сунична попелиця (Aphis forbesi), суничний кліщ (Tarsonemus fragariae), звичайний павутинний кліщ (Tetranychus urticae), слимак польовий (Agriolimax agrestis). Природних ворогів полуничних шкідників слід захищати та створювати їм сприятливі умови для життя. Для боротьби зі шкідниками при органічному вирощуванні суниці дозволяється використання феромонів, репелентів, хижаків, паразитів, суперпаразитів, механічних бар'єрів для равликів, сіток, пасток, вапна, бентоніту, силікату калію, деревної золи, гомеопатичних та біодинамічних препаратів. Допускається використання рослинних препаратів, екстрактів та чаїв (кропива, цибуля, хвощ тощо) як засобів захисту рослин, приготованих на виробничій фермі з присутніх рослин. Найважливішими хворобами суниці є сіра гниль (Botrytis cinerea), біла плямистість (Mycosphaerella fragariae), бура плямистість (Marssonina fragariae), борошниста роса (Podosphaera macularis, S. aphanis), вертицильозне в’янення суниці (Verticillium albo-atrum та V. Dahliae), фітофтороз суниці (Phytophthora fragariae). Проти грибкових захворювань дозволено використовувати силікат калію, кам'яне борошно, перманганат калію, порошкоподібну сірку, змочуваний порошок сірки найвищої концентрації до 0,7%, сірчані препарати в поєднанні, мідь та мідні препарати, Bacillus thuringiensis, масляні емульсії, желатин, кам'яне борошно, етиловий спирт, калійне мило, м'яке мило до 3%.