Після першої фази (вищипування, видалення рослинних залишків, видалення мульчуючої плівки та зрошувальної системи) переходимо до другої фази – дезінфекції теплиці та обладнання. Все дезінфікується: ґрунт, споруда, капрон, аксесуари в теплиці тощо. Засоби, що використовуються для дезінфекції, - це пестициди, спеціально призначені для цієї мети, або альтернативні методи: наприклад, вапно. Дезінфекцію слід проводити повільно і ретельно, щоб на наступний сезон відсоток хвороботворних речовин - а отже, і кількість інфекцій - знизити до мінімуму. Для кожного нового сезону рекомендується використовувати нові допоміжні матеріали: опори, в’яжучі, зрошувальну систему та мульчуючу плівку. Однак якщо деякі з перерахованих предметів використовуються протягом декількох сезонів, їх потрібно дезінфікувати. Дезінфекція проводиться поза теплицею в приміщенні, де зберігається допоміжний матеріал.