Листя також може змінювати колір через нестачу або надлишок поживних речовин (N, P, K, Mg, Mo). Це пошкодження важко діагностувати, що є найбільшою проблемою. Аграрію варто дуже добре знати рослини, які він вирощує, та їх потреби у поживних речовинах. Наприклад, плями на плодах томатів, спричинені вірусом, дуже схожі на симптом дефіциту калію на плодах — сумніви можна усунути, взявши проби для лабораторного аналізу (часто лише за допомогою мікроскопії). Головними ознаками "природного" пошкодження листків є: після використання засобів захисту рослин пошкодження не поширюється та не повертається, як у випадку зі шкідниками; при звичайному удобренні симптоми, подібні до нестачі деяких поживних речовин, зникають, і рослина нормально росте і розвивається; забруднене повітря також може спричинити стрес у рослин, особливо в більш чутливих культурах. Крім того, холодне повітря також може нашкодити овочам, які знаходяться в захищеному приміщенні без обігріву. Фітотоксичність Деякі овочеві культури виявляють "алергію" на застосування хімічних речовин, і це називається фітотоксичністю. Це дедалі частіша проблема, яка проявляється у вигляді хлорозу та некрозу на листках та відбілювання листя. Пошкодження листя може бути незначним або по всій листковій пластинці. Фітотоксичність рослини найчастіше обумовлена: • позакореневим підживленням з більшою концентрацією поживного розчину солі, ніж передбачено; • невідповідними умовами розпилення, наприклад, проблемою може бути нанесення міді на мокрий лист, розпилення при високих температурах, вітрі тощо; • змішуванням хімічних препаратів без попередньої перевірки сумісності; • поєднанням позакореневих добрив з пестицидами.