Оскільки земля, як основний виробничий ресурс, дуже часто деградує під впливом різних токсичних хімічних та фізичних впливів, користь ефективних мікроорганізмів неоднакова. Головною метою обробітку землі є поліпшення фізико-хімічної структури, щоб зробити її придатною для вирощування певних культур. Однак, незалежно від того, наскільки обробляється ґрунт, у ньому все одно існує певна кількість речовин, які недоступні для рослин, оскільки вони перебувають у неактивній формі або в кінцевому підсумку токсичні. Ефект корисних мікроорганізмів багаторазовий, оскільки вони мають антиоксидантну дію та запобігають негативним природним реакціям. А саме, ґрунти, які схильні до високого ступеня окислення, підвищують токсичність під впливом високих концентрацій важких металів та їх зчеплення з іншими металами. Використовуючи мікроорганізми на таких ґрунтах, важкі метали перетворюються в нейтральні форми. Вони опускаються у нижчі частини ґрунту за допомогою води та стають менш загрозливими для рослин. Це зменшує токсичність і легко збільшує доступність поживних речовин. Під час застосування ефективних мікроорганізмів, мікрофлора ґрунту збагачується, ґрунт стає більш родючим і "відпочиває", а більш важкодоступні елементи розкладаються на більш доступні. Таким чином, рослини легше приймають їх, що кінець кінцем сприяє розвитку як рослини, так і плодів. Збалансований розвиток рослин вимагає наявності всіх поживних речовин. Дуже часто певні елементи присутні, але перебувають у неактивній формі й недоступні як такі для рослин. Продукти на основі ефективних мікроорганізмів корисні у тому аспекті, що різні антиоксидантні процеси розщеплюють складні речовини на прості (необхідні) і, таким чином, роблять їх доступними для рослин. Рослини використовують менше енергії для засвоєння поживних речовин з кореневої системи, що робить їх більш стійкими.