Найважливішими заходами боротьби із захворюванням є профілактичні, механічні, фізичні та інші форми захисту. Для посіву перців треба вибирати більш стійкі сорти. Важливо використовувати здорове насіння, яке отримують зі здорових культур (найкраще використовувати гібридні, які були оброблені виробником). Видалення заражених та рослинних залишків із попереднього виробничого сезону є ключовим профілактичним заходом. Сівозміна дуже важлива. Перець не слід вирощувати на одному місці протягом трьох років. Найкращі попередні культури — види з родини бобових. Вирощування на тій же ділянці, де раніше вирощували картоплю або помідори, не рекомендується через можливість передачі бактерій Xanthomonas. У захищених місцях бажано продезінфікувати територію за допомогою пари або хімічних засобів. Приміщення необхідно регулярно провітрювати. Також певні бур’яни можуть розповсюджувати цю бактерію, тому їх потрібно регулярно видаляти, щоб урожай був чистим. Якщо всі ці заходи були застосовані, а згадане захворювання все-таки з’явилося, слід застосовувати хімічні методи. Доцільно починати профілактичні заходи до появи помітних симптомів інфекції, адже коли вони помічені, ефективний захист досить важкий. Ефективні засоби захисту рослин засновані на активній речовині бакар оксихлориду або гідроксиду міді. Залежно від погодних умов та інфекційного потенціалу, слід проводити до п’яти обробок паприки засобами на основі перерахованих діючих речовин. Концентрація, застосування, дозвіл на змішування та інші інструкції видаються кожним виробником захисних засобів на основі кожної окремої активної речовини.