Протягом вегетаційного періоду перець може бути атакований низкою хвороб, жодна з яких не може бути виділена як економічно шкідлива. Однак слід зазначити деякі хвороби, щоб виробник перцю знав, як допомогти рослині у разі нападів на рослини та появи симптомів. Найперше - це фітофтороз. Ще однією хворобою, яка може напасти на перець, є концентрична або чорна плямистість. Третя хвороба, яка може пошкодити перець, - це бура плямистість плодів перцю (Colletotrichum nigrum). Ця хвороба може вражати всі надземні частини перцю та більшість плодів. Симптомами є крихітні червонувато-коричневі плями, на плодах вони мають еліптичний і увігнутий вигляд. З перикарпію інфекція поширюється на насіння. У сезон дощів плоди стають водянистими і сильно гниють. Листя страждає рідше. Рослини перцю рідко гинуть, але окремі гілки на стеблі можуть висохнути. Боротьба з хворобою здійснюється посівом здорового насіння в стерилізований субстрат, тобто при вирощуванні розсади на територіях захищеного ґрунту. З фунгіцидів слід використовувати такі, що на основі міді, які успішно борються з цією хворобою при вирощуванні в полі або на городі.