Ефективне очищення та миття дає змогу знешкодити 99% мікроорганізмів Наступним кроком, який потрібно зробити, є очищення. Воно включає вишкрібання та видалення всіх домішок з поверхонь (калу, їжі, пилу та сміття з навколишнього середовища). Якщо поверхня суха і запилена, її слід обприскати водою. Мета полягає у видаленні якомога більшої кількості органічних речовин, оскільки вони є захисним шаром для мікроорганізмів протягом тривалого часу не тільки від зовнішніх умов, а й від наслідків дезінфекції. За підрахунками, лише завдяки простому очищенню можна видалити з поверхні 90% бактерій. Миття ще зменшує кількість мікроорганізмів, а ефективне очищення та миття може усунути 99% мікроорганізмів. Ретельно мийте поїлки, підлогу, стоки Щодо миття, то поверхню спочатку змочують теплою водою, мийним або чистячим засобом, а потім протирають. Миття можна покращити, використовуючи воду під низьким тиском або поливальні шланги, але робити це слід обережно, оскільки при розпиленні води під високим тиском може статися аерозолізація та подальше поширення інфекції. Миття слід починати з найчистіших місць і від найвищого рівня (стеля), до найбруднішого та найнижчого рівня (підлога). Перед дезінфекцією знімне обладнання слід почистити та замочити в мийному засобі. Особливу увагу слід звернути на поїлки, підлогу й жолоби. Ці поверхні можуть слугувати місцями накопичення бактерій, тому їх потрібно ретельно очистити, а потім продезінфікувати. Вибір відповідних дезінфекційних засобів залежить від типу мікроорганізму, факторів навколишнього середовища та питань безпеки. Щоб правильно визначити їхню концентрацію, слід завжди читати інструкцію. Дезінфекцію слід проводити обприскуванням та з використанням низького тиску. У холодну погоду потрібно нагрівати до приблизно 20 °C, оскільки деякі агенти неефективні при низьких температурах. Крім того, дезінфекційний засіб слід витримувати певний час залежно від типу.