Після збору врожаю майже всі плодові види сприйнятливі до хвороб. Хоча умови на складах контролюються, гниття відбувається через появу певних захворювань. Яблука та груші найчастіше зберігаються в контрольованій атмосфері. Ця технологія не запобігає загниванню плодів, якщо вони несуть у собі прихований посівний матеріал збудника, що передається із саду. Загальні захворювання Хвороби, що розвиваються після збору врожаю: Monilinia fructigena, Glomerella cingulata, Penicillium expansum, Botrytis cinerea та Colleteotrichum spp. Спільним для них є те, що вони можуть значно знизити якість плодів та вплинути на появу гнилі та їх псування. Характерні симптоми проявляються у вигляді появи цвілі або гнилі, заражена тканина стає м’якою на дотик, має коричневий або чорний колір, плоди втрачають ринкову вартість і стають практично непридатними для використання.