Різні комахи, слимаки та дрібніші ссавці можуть знищити певні частини рослини, а боротися з ними слід за допомогою інсектицидів або засобів, що відштовхують їх від певних частин рослини. Різноманітні грибкові захворювання можуть спричинити гниття підземних або надземних частин рослини, особливо в холодні і дощові періоди. У такому випадку використовуйте один із системних фунгіцидів, а ще краще запобігти такій проблемі, посадивши лілії в найбільш придатне місце для їх вирощування. Лілії також сприйнятливі до вірусів, таких як вірус мозаїки лілій, що передається комахами. На жаль, ліків від нього немає, а при зараженні рослину потрібно знищити. Однак є також деякі стійкі сорти, які цвітуть, незважаючи на зараження.