Найпоширеніші хвороби конвалії — це чорна гниль і сіра цвіль. Чорна гниль виникає на саджанцях у вигляді чорних плям, які надалі поширюються на листові пагони, що впливає на втрату ринкової вартості рослини. Причиною є гриб Sclerotonium denigrans. Сіру цвіль викликає гриб Botrytis cinerea, який проявляється на нижніх частинах листя конвалії у вигляді коричневих некротичних плям на початку літа. Звідти гриб поширюється далі, створюючи сірувато-білий павутинний покрив. Такі рослини повинні бути видалені й спалені. Для захисту варто використовувати спеціальні препарати.